Atas persetujuan bersama antara pengurus sekolah dan pengurus perkumpulan orang tua murid pada tahun 1950 kepengurusan sekolah diubah menjadi sebuah yayasan yang bernama Yayasan Sekolah Chung Hwa Hui Semarang. Selanjutnya untuk menyesuaikan dengan misi sekolah sebagai wadah pendidikan nasional, nama yayasan kembali diubah pada tahun 1963 menjadi Yayasan Pendidikan Nasional Karangturi.
Pada masa - masa itu kondisi ekonomi sangat memprihatinkan, demikian pula dengan kondisi sekolah. Bangunan sekolah sebagian besar hanya tersusun dari kayu dan bambu serta beralaskan tanah, tidak ada tempat berkumpul bagi pengurus yayasan untuk memikirkan masa depan sekolah. Alkisah ada sebuah pohon asam yang tumbuh dihalaman sekolah yang memang waktu itu banyak ditanam disepenjuru kota Semarang, para pengurus yayasan sering berkumpul untuk merundingkan masalah - masalah sekolah disana sehingga kemudian muncul idiom yayasan sor-sem, singkatan dari ngisor asem.
Memasuki babak baru, pada tahun 1964 pengurus yayasan waktu itu memberi kuasa kepada Ie Khoen Moh untuk membentuk kepengurusan yayasan yang baru dan selanjutnya mengurus sekolah dengan sebaik - baiknya. Memasuki masa - masa kegelapan bangsa Indonesia, perjalanan Sekolah Nasional Karangturi juga tidak luput dari kesuraman. Diisuekan sebagai sekolah yang berkiblat pada partai politik terlarang waktu itu, pada tahun 1965 operasional sekolah ditutup dan gedung sekolah diambil alih oleh pemerintah dan digunakan untuk tempat penampungan tahanan politik.
Untunglah, berkat kekompakan pengurus yayasan dan seluruh keluarga besar SN Karangturi, pada tahun 1967 permohonan yayasan kepada pemerintah waktu itu dikabulkan. Gedung sekolah dikembalikan kepada yayasan dan penggunaannya juga diserahkan kembali kepada pengurus Yayasan Pendidikan Nasional Karangturi. Setelah diperbaiki, pada tahun 1968 Sekolah Nasional Karangturi kembali beraktifitas digedung kampus yang sekarang digunakan oleh TK dan SD Karangturi tersebut.
Pada dekade 90-an, daya tampung kampus di jalan MT Haryono sudah tidak lagi memadai. Siswa kelas 4 SD, 2 SMP dan 1 SMA terpaksa harus masuk siang bergantian dengan yang lain karena jumlah kelas yang tidak lagi mencukupi. Apalagi dengan adanya persyaratan akreditasi dari dinas pendidikan waktu itu bahwa seluruh siswa harus masuk pagi membuat pengurus yayasan bertekad untuk membangun kampus baru yang lebih representatif. Setelah mempertimbangkan berbagai hal, akhirnya yayasan membangun sebuah kampus baru diatas lahan bekas pabrik pengolahan kulit di daerah Pengapon untuk menampung siswa SMP dan SMA. Tahun ajaran 1996 - 1997, kampus baru di Jalan Raden Patah mulai difungsikan untuk SMP dan SMA Karangturi, sedangkan kampus lama di Mataram sepenuhnya digunakan untuk TK dan SD Karangturi. Untuk mengenang jasanya yang begitu besar dalam mendirikan sekolah, gedung aula di kampus mataram setelah direnovasi tahun 2001 dinamakan Aula The Sien Tjo.
Sayang sekali, ketidak konsistenan pemerintah daerah dalam hal tata ruang menjadikan daerah pesisir utara kota Semarang terus menerus didera masalah air laut pasang atau rob. Keadaan ini juga membuat kondisi sekolah di Raden Patah menjadi tidak nyaman hingga kembali memaksa pengurus yayasan untuk merencanakan relokasi ke tempat yang lebih nyaman untuk proses belajar. Alih - alih untuk sekedar memindah kampus Raden Patah, pengurus yayasan merencanakan pembangunan kampus terpadu yang dapat menampung seluruh sekolah - sekolah Karangturi. Sebuah tanah seluas lebih dari 5 hektar telah disiapkan di daerah Candi yang relatif aman dari terpaan banjir dan air pasang. Diharapkan dalam beberapa tahun kedepan, seluruh operasional sekolah - sekolah Karangturi sudah bisa menempati lokasi baru tersebut.